Las primeras noticias del hospital se remontan al siglo XIV, si bien su gran impulso se produjo en el siglo XVIII siendo su construcción de estilo barroco.
A partir de aquí se construirán las dependencias tal y como las conocemos hoy, principalmente la iglesia, donde destaca el retablo mayor -obra de Alejandro Carnicero- con una magnífica talla del arcángel San Miguel. Los departamentos propiamente hospitalarios se han restaurado recientemente para ubicar el actual consultorio médico.
En 2010, se en acaban de concluir las obras de restauración del Proyecto de Recuperación de la Capilla del Hospital de San Miguel en Nava del Rey, redactado por el estudio de Valladolid de BLANCO Y GAISÁN ARQUITECTOS a través del Plan E, entre las que se ha incluido también la recuperación de la cubierta de unos 1200 m2. La empresa encargada de este proyecto, Pico Zarcero Construcciones, ha utilizado la teja TB-10 Roja, empleando las piezas de remate especificadas por la dirección técnica.